保证合同纠纷的诉讼时效不是两年，而是三年，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民不予保护，有特殊情况的，人民可以根据权利人的申请决定延长。
担保诉讼时效是三年。担保期限约定三年有效。担保期限也就是保证期间，不适用诉讼时效的中断、中止、延长，有约定从约定，没有约定或者约定期间早于、等于主债务履行期限，保证期间是六个月，约定不明的，保证期间是二年，从主债务履行期届满之日起算。
保证中的诉讼时效也就是保证合同诉讼时效，它与一般诉讼时效相同，适用二年的诉讼时效规定，起算时间根据保证合同来确定，在诉讼时效内，债权人可以想起诉要求保证人承担保证责任，超出诉讼时效的，保证人的保证责任没有免除，但是保证人获得了诉讼时效抗辩，也可以说超出诉讼时效后，债务人丧失了胜诉权。
一、民法典关于诉讼时效的规定
《中华人民共和国民法典》第一百八十规定，向人民请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民不予保护，有特殊情况的，人民可以根据权利人的申请决定延长。
第一百八十九条规定，当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间自最后一期履行期限届满之日起计算。
二、保证合同的一般规定有哪些
《中华人民共和国民法典》第六百八十一条规定，保证合同是为保障债权的实现，保证人和债权人约定，当债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的情形时，保证人履行债务或者承担责任的合同。
第六百八十二条规定，保证合同是主债权债务合同的从合同。主债权债务合同无效的，保证合同无效，但是法律另有规定的除外。
保证合同被确认无效后，债务人、保证人、债权人有过错的，应当根据其过错各自承担相应的民事责任。
第六百八十三条规定，机关法人不得为保证人，但是经批准为使用外国或者国际经济组织贷款进行转贷的除外。
以公益为目的的非营利法人、非法人组织不得为保证人。
第六百八十四条规定，保证合同的内容一般包括被保证的主债权的种类、数额，债务人履行债务的期限，保证的方式、范围和期间等条款。
第六百八十五条规定，保证合同可以是单独订立的书面合同，也可以是主债权债务合同中的保证条款。
第三人单方以书面形式向债权人作出保证，债权人接收且未提出异议的，保证合同成立。
第六百八十六条规定，保证的方式包括一般保证和连带责任保证。
当事人在保证合同中对保证方式没有约定或者约定不明确的，按照一般保证承担保证责任。
