法律分析：一是由权利人持权利证书主动向登记部门申请注销登记；
二是登记部门依职权对该登记事项予以纠正，并注销该权利证书。
农村集体土地确权登记发证依据
或者有关行政主管部门的批准文件、处理决定；县级以上国土资源行政主管部门的调解书；人民生效的判决、裁定或者调解书；当事人之间依法达成的协议；履行指界程序形成的地籍调查表、土地权属界线协议书等地籍调查成果；法律、法规等规定的其他文件等。
农村集体所有的土地是由权利人申请并由村民小组代表指界并签名盖章后予以确权及登记发证。
农村集体所有的土地经依法征收后属国有土地，不应再颁发集体土地所有权证书，如果发现农村集体土地确权登记错误，应当及时予以纠正。
法律依据：《农村土地承包经营权证管理办法》第十一条 农村土地承包当事人认为农村土地承包经营权证和登记簿记载错误的，有权申请更正。
